当前，我国香菇产业面临着严峻的挑战，劳动力、原材料成本持续上升，产品同质化严重，市场价格竞争加剧，各类扶持项目审批和验收趋紧，土地、税收、贷款等优惠政策减少或取消等因素都对香菇产业造成了一定冲击。
尽管我国香菇产业正面临困境，但我国香菇产业历史悠久，拥有深厚的文化底蕴。香菇具有营养与保健双重功效，能够满足消费者的需求；另外，香菇具有转化农林秸秆废弃物的独特生态功能，这些因素都让香菇产业充满希望。

我国香菇专业化分工生产已成为常态，设施化机械化操作程度不断提高，各环节设施应用水平逐年提升。同时，工厂化、自动化和信息化迅速发展也是一种常态。要实现自主设计改造，设备国产化水平迈上新台阶，机械化是基本要求，眼下工厂化生产技术的提升，自动化设备的研发，最终还是会走向工厂化。
　　目前，香菇工厂化的技术难题主要集在：培养料种类及高效快速转化问题，菌种生产与菌种退化问题，后熟转色与子实体发育启动问题，优良品种高效选育问题，病毒潜伏感染与病毒病防控问题，基因与环境因子互作问题，香菇产品品质与风味问题等。
　　香菇产品的深加工应该以满足人类需求多样化为目标，菜肴食品、休闲食品，佐料产品、即食食品与大宗主食食品开发并举的方式。而在产业功能多样化的发展过程中，则可以利用以“三产”融合为主要特色，产业基地、工业园区与休闲农业、科普基地、DIY旅游体验、庭院种养一体化的方式。
　　主产地可以根据中央农村工作会议精神，重点支持中小型食用菌专业化企业的发展，在企业融资、征地用地和项目扶持上予以倾斜，特别是支持将生产、加工和旅游、文化和餐饮消费于一体的三产融合式特色企业发展。