在种植香菇的过程中，病害是影响香菇品质和产量的重要因素，除了生理性病害以外，也需要特别注意香菇霉菌病害的防治。许多菇农在进行香菇发菌培养时，往往采用蘑菇前期密闭发菌方法，以致造成严重的杂菌污染。香菇菌丝体培养阶段要求室内光线弱并阴凉通风，因此，生产菌棒数量应根据培养室面积大小决定，一般生产1000筒菌棒要求培养室面积15 m2左右。培养室过小，必然造成菌棒堆叠过紧过高，棒堆中因菌丝生长释放出的热量和水汽不易散失，从而极易引发大面积感染杂菌。

 霉菌发生在栽培块或菌筒表面，尚未入料，一般可以采用pH 8～10的石灰清水洗净其上的霉菌，改变酸碱度，抑制霉菌生长。若霉菌严重，已伸入料内，可把霉菌挖干净，然后补上栽培种。霉菌特别严重的栽培块或菌筒，可拿到室外，用清水把霉菌冲洗干净，晾干2～3天后，再喷洒0.5%过氧乙酸(CH3COOH)可收到显著的防治效果。

使空气中杂菌孢子的密度降得最低，是减少杂菌污染最积极有效的一种方法。装瓶消毒冷却，接种、培养室等场所，均需做好日常的清洁卫生。坚持每天在空中、地面用0.2%肥皂水或3%～4%石碳酸水溶液，5%甲醛，1∶500倍50%的多菌灵水溶液及5%～20%石灰清水等交叉喷雾或喷洒，将废弃物和污染物及时烧毁或浸入药水缸，以防污染环境和空气。